一、不认定工伤公司怎么处理?
可以自行申请工伤认定，也可以通过仲裁确认双方的劳动关系。因为员工自己或者家属也有权利提出工伤认定的。但是关键的问题就是由于公司的不配合，可能工伤认定的过程当中的很多取证问题是比较困难的，那员工本人可能就要先证明劳动关系和收集齐了证据以后才能展开工伤认定的。
二、如何证明与公司之间的劳动关系?
劳动法上的劳动关系，是指用人单位向劳动者给付劳动报酬，而由劳动者提供职业性的劳动所形成的法律关系。既然你在公司工作且接受了公司的管理，公司也发给了你相应的劳动报酬，那么你和公司之间存在劳动关系是毫无疑问的。但是你若要主张双倍工资的话首先必须提供相关的证据证明你和公司之间的劳动关系存在。
1、根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》的规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：
(1)用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格;
(2)用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动;
(3)劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
2、同时该通知也规定，用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
(1)工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录;
(2)用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件;
(3)劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录;
(4)考勤记录;
(5)其他劳动者的证言等。
因此根据该规定，你若要证明和公司之间存在劳动关系的话，你最好是能提供工资签收单、考勤卡、工作证、招聘登记表之类的证据，如果可能的话你还可以要求你的同事出庭为你作证。
对于工伤认定的处理，应当基于实际的证据而定，公司有可能在第一时间就否认事实劳动关系，那员工本人可能就要先证明劳动关系和收集齐了证据以后才能展开工伤认定，如果对相关情况的处理不清楚的，可以聘请律师进行界定。