刑事自诉案件不同于刑事公诉案件。刑事公诉案件自立案侦查时起就意味着诉讼程序的开始，案件的管辖权由国家司法机关根据法律直接选择决定，而不是由当事人来加以选择，因此不存在当事人提出管辖权异议的问题。但刑事自诉案件中，自诉人与被告人的诉讼地位是平等的，向人民法院提起刑事诉讼是自诉人行使的私权利，被告人亦应有权对其指控予以抗辩，既包括实体权利，亦包括程序权利，自诉人与被告人之间在权利对抗中寻求平衡。
自诉人出于维护自己权利和诉讼便利的需要，有选择向哪个法院起诉的权利，与此相对应，被告人亦有对抗这种选择的权利，由此发生管辖权争议。刑事诉讼法对自诉案件的审理程序作出了较公诉案件更为灵活的规定，即类似于民事诉讼程序，如双方可以进行和解或者撤回自诉，除第170条第三款情形外可以和解，被告人可以反诉等，亦说明刑事自诉案件中，自诉人与被告人之间的诉讼权利是“对抗”、“均衡”的。基于以上理由，自诉案件中，对自诉人选择的人民法院，被告人认为损害了自己的诉讼便利的，有权利提出管辖权异议，人民法院应当对此作出裁决。
法律依据：《民事诉讼法》
第二十一条 一般地域管辖
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。 同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。