一、辞退员工扣发工资合法吗?
企业因员工严重违反规章制度解除劳动合同的，除非劳动者的行为给用人单位造成了直接的经济损失，否则企业无权克扣劳动者工资，应该全部予以支持。并且企业主张劳动者造成损失的，应有用人单位支付工资。企业拖欠工资，劳动者有两个途径可以要求支付工资：、劳动监察投诉。优点：方式简单，自己就可以去不需要请律师。缺点：劳动监察执法力度可能不是很大，不能要求支付双倍工资和赔偿金补偿金等;可以申请劳动仲裁。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资、赔偿金等，并且一般都可以最终解决，比劳动监察靠谱;缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
二、公司如何合法辞退违纪员工
1.依照本公司的规章制度进行处罚
如果一家公司在其日常的生产经营中，忽视本公司的既定规章制度，那么很可能会产生麻烦。员工会据此要求用人单位承担没有按照规定而违规解除与其劳动合同的责任。因此公司的相关管理人员或人事主管一定要对本公司的规章制度熟练掌握，并在日常生产经营中认真加以贯彻必要时还应该进行培训。此外，要把这些规章制度讲解给每位员工且确认每位员工都收到这些规章制度的书面内容。
2.在解除劳动合同前要经过仔细调查
提起调查程序的起点相对来说要比较低，当公司确认员工违反了相关公司规定、指引、规章或是程序，具体负责人员就应该启动调查程序。如果违纪情况非常严重，那么就要在调查结果出来以前，中止该员工的工作并最终采取相应的惩戒措施。
3.调查的时间观念也要加强。在一些情况下，如果没有及时、彻底调查会造成延误时间及纵容员工的假象。同时，如果不及时处理，会造成以后在其他员工遇到类似情况时，更加难以处理。
4.在解除劳动合同以前，要有针对性地制定一些备用方案
5.在如果不是必须采取解除合同作为惩戒措施时，可以考虑一些其他选择。口头及书面的警告或是中止工作都是可行的方案。然而要确保公司所采取的措施在处理相同违纪行为时要具有连贯性和一致性。如果可行应该在采取解除劳动合同时，给予该员工改正的机会。实践中，公司更要认识到要努力帮助该名员工改正错误，因为员工的流失对于用人单位来说是最大的成本支出。因此公司可以在该员工的表现不符合公司的期望值时帮助其改正，这样可以省掉大量的财力和人力。
辞退员工除非是员工严重违反了劳动合同或者造成企业的经济损失，不然不能克扣劳动者的工资，企业合法辞退员工需要在解除劳动合同前要经过仔细调查，调查的时间观念也要加强，在解除劳动合同以前，要有针对性地制定一些备用方案。